حوزہ نیوز ایجنسی کی رپورٹ کے مطاب، رہبر معظم انقلاب اسلامی امام خامنہ ای کے پیغام کا تفصیلی متن مندرجہ ذیل ہے:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

عالم ربانی،حکیم ،مجاہد اور فقیہ آیت اللہ الحاج شیخ محمد تقی مصباح یزدی کی نہایت ہی افسوس اور الم ناک رحلت کی خبر موصول ہوئی۔یہ سانحہ حوزہ ہائے علمیہ اور علوم اسلامی کے شعبے کے لئے بہت بڑا نقصان ہے۔
مرحوم ایک ممتاز مفکر، لائق مدیر ہونے کے ساتھ حق گوئی میں نڈر اور صراط مستقیم پر ثابت قدم تھے۔ 
دینی افکار کو زندہ رکھنے کیلئے حقائق پر مبنی لا تعداد کتابیں تصنیف کرنا، ممتاز و مؤثر طلباء کی تربیت اور جہاں جہاں مرحوم کی ضرورت محسوس ہوئی ان تمام شعبوں میں انقلابی موجودگی، واقعتاً بے نظیر ہے۔
تقویٰ اور پارسائی، جوانی سے لے کر زندگی کے آخر تک مرحوم کی نمایاں خصوصیت رہے ہیں اور معرفت توحیدی میں سلوک کی توفیق، ان کی  طویل مدتی جدوجہد کا ایک عظیم الہی ثواب ہے۔
میں خود اپنے اس دیرینہ برادر عزیز کا سوگوار ہوں، خانوادہ محترم،صالح فرزندوں اور ان کے باقی پسماندگان کے ساتھ اس عظیم استاد کے شاگردوں،  عقیدت مندوں اور حوزہ ہائے علمیہ سے اظہار تعزیت کرتے ہوئے مرحوم و مغفور کی بلندی درجات، مغفرت اور رحمت الہی کے لئے دعا گو ہوں۔

 سیّدعلی خامنه‌ای
 2جنوری 2021